As origens do templo antecedem a nacionalidade, tendo sido identificados vestígios materiais que remontam à época visigótica.

O templo presente surgiu como doação do Conde D. Henrique e Dona Teresa do mosteiro de Rates ao Priorado de La Charité sur Loire, Auxerre – França (ligada a Cluny), para que ali fosse instalada e praticada a Regra Beneditina. Foi reconstruída em 1100 e está classificada como monumento nacional. Constitui um dos mais importantes monumentos românicos no então emergente reino de Portugal, dada a relevância das formas arquitectónicas e escultóricas.

É uma construção característica do românico, de planta em cruz latina composta de três naves e quatro tramos, ábside e absidíolos redondos, de falso transepto, que revela várias hesitações e irregularidades na sua estrutura como a diferente larguras das naves, o ritmo irregular dos pilares ou a existência de colunas adossadas, que reflectem o longo período de hesitações construtivas a que esteve sujeita. O acesso ao templo faz-se pelo imponente portal axial de cinco arquivoltas e arcos de volta perfeita, inserido na fachada ligeiramente assimétrica com contrafortes, em que se destaca a decoração escultórica dos capitéis e, sobretudo, do tímpano. Sobre este portal, uma rosácea. O portal lateral do lado sul, tem arquivolta dupla, colunelos com capitéis historiados e, no tímpano, em baixo-relevo o Agnus Dei. No restauro foi destruída aquela que talvez possa ser considerada a primeira experiência de abóbada ogival em Portugal.

Toda a cobertura das naves é feita por tecto de madeira sendo a cabeceira abobadada em pedra. O conjunto da escultura deste templo é dos mais significativos do românico português.

Com todos estes importantes factos, não admira o surgimento da Lenda de S. Pedro de Rates. Este seria um bispo ordenado por Santiago Maior que, fugindo de Braga, aqui foi decapitado enquanto se encontrava a rezar. Um eremita chamado Félix deu sepultura ao corpo mutilado do bispo. Até 1552, este templo guardava os seus restos antes de ter sido transferido para a Sé de Braga. É devido a este lendário mártir que o arcebispo de Braga usa o título de Primaz, considerando-se que a antiguidade da Igreja de Braga é superior à sua congénere de Toledo.

igreja românica